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儲(chǔ)存障礙
首先，氫的密度很低，就算燃料以液態(tài)形式儲(chǔ)存在低溫瓶或壓縮氣體瓶，在那些空間能夠儲(chǔ)存的能量十分有限，而氫汽車比起其他汽車就十分受限。而氫氣也不應(yīng)該大量外溢到大氣層中，不然可能會(huì)破壞臭氧層。有些研究已經(jīng)用特別結(jié)晶體來儲(chǔ)存氫在較高密度的環(huán)境中，而且更安全。
安全儲(chǔ)存
另外一種方法是不儲(chǔ)存氫分子，而使用氫重組器來從傳統(tǒng)燃料如甲烷、汽油和乙醇，提取氫。很多環(huán)保分子對此想法不感興趣，因?yàn)樗蕾嚵嘶剂稀？墒?，這是有效的重組程序，而且避免了儲(chǔ)存及運(yùn)送氫的難題。使用重組過的汽油或乙醇來推動(dòng)燃料電池，不但幾乎無空氣污染問題，能量轉(zhuǎn)換效率也比內(nèi)燃機(jī)高（可有效減少二氧化碳排放）。
源頭污染
成本居高
其次，制造在氫汽車提供電力可靠燃料電池，耗資頗高?？茖W(xué)家努力研究令燃料電池的成本盡量便宜，同時(shí)又有足夠硬度以抵受撞擊和震動(dòng)這些汽車的基本問題。燃料電池的設(shè)計(jì)大都脆弱，故不能在那些情況下保存。加上很多設(shè)計(jì)都需要稀有物如鉑作為催化劑，令工作更順暢，而催化劑可能污染氫的純凈度，不利氫的提供。
制氫成本、儲(chǔ)運(yùn)成本、加注成本居高不下。 第三個(gè)問題是氫可作為能量的攜帶者而非能源。它必須從化石燃料或其他能源提取，因此引起能量的流失（因?yàn)閺钠渌茉吹綒溆只氐侥芰康霓D(zhuǎn)換并非百分百有效）。因?yàn)槿魏文茉炊加腥秉c(diǎn)，轉(zhuǎn)換到氫會(huì)引起關(guān)于如何產(chǎn)生這種能源的政治決定。
